根据突发公共卫生事件性质、危害程度、涉及范围，突发公共卫生事件划可分为特别重大（Ⅰ级）、重大（Ⅱ级）、较大（Ⅲ级）和一般（Ⅳ级）四级。
其中，特别重大突发公共卫生事件主要包括：
(1)肺鼠疫、肺炭疽在大、中城市发生并有扩散趋势，或肺鼠疫、肺炭疽疫情波及2个以上的省份，并有进一步扩散趋势。
(2)发生传染性非典型肺炎、人感染高致病性禽流感病例，并有扩散趋势。
(3)涉及多个省份的群体性不明原因疾病，并有扩散趋势。
(4)发生新传染病或我国尚未发现的传染病发生或传入，并有扩散趋势，或发现中国已消灭的传染病重新流行。
(5)发生烈性病菌株、毒株、致病因子等丢失事件。
(6)周边以及与中国通航的国家和地区发生特大传染病疫情，并出现输入性病例，严重危及我国公共卫生安全的事件。
(7)国务院卫生行政部门认定的其他特别重大突发公共卫生事件。